Ο Joseph Hubertus Pilates γεννήθηκε στο Ντίσελντορφ το 1880 από Έλληνα πατέρα και Γερμανίδα μητέρα. Η ασθενική του κράση, το άσθμα και η ραχίτιδα από τα οποία υπέφερε τον οδήγησαν στην αναζήτηση ενός τρόπου να ξεπεράσει τις σωματικές του αδυναμίες. Ως έφηβος, λοιπόν, κατάφερε να αναπτύξει τις ικανότητες του στη γυμναστική και να γίνει ένας δεινός δύτης,μποξερ και σκιέρ. Παράλληλα μελέτησε ανατομία, ενώ συγχρόνως συμπεριέλαβε στις σπουδές του και μεθόδους άσκησης της Ανατολής, όπως η γιόγκα και οι πολεμικές τέχνες. Απ' το συνδυασμό των ανατολικών και των δυτικών μεθόδων άσκησης προήλθε η μέθοδος Pilates, που ο ίδιος ονόμασε contrology, η οποία βασίστηκε στο ότι η κοιλιά είναι το κέντρο του σώματος (power house), το κέντρο δύναμης και ενέργειας. Σημαντικό ρόλο για την άσκηση παίζει η αναπνοή.

Κατά τη διάρκεια του Πρώτου Παγκοσμίου Πολέμου, όντας εθελοντής νοσοκόμος στην Αγγλία, βοηθούσε τους ασθενείς με κινητικά προβλήματα. Άλλαξε τη θέση των ελατηριων που είχαν τα κρεβάτια των αρρώστων και τα τοποθέτησε στο επάνω μέρος του κρεβάτιου.Με αυτόν τον τροπο μπορούσαν να γυμνάζονται ενώ ήταν ξαπλωμένοι και να κουνάνε μόνο τα άκρα τους.Ετςι μπορούσαν να δυναμώσουν τους μυς τους και να επιταχύνουν την ανάρρωση τους.Αυτη ήταν η αφορμή για να  δημιουργηθούν και εξελιχθούν τα ειδικά μηχανήματα που χρησιμοποιούνται στη μέθοδο αυτή.

Μετά το τέλος του πολέμου επέστρεψε στη Γερμανία. Το 1926, όταν η γερμανική κυβέρνηση του πρότεινε να εκπαιδεύσει δυνάμεις του στρατού, αποφάσισε να μεταναστεύσει στην Αμερική, όπου μαζί με τη γυναίκα του Κλάρα -νοσοκόμα στο επάγγελμα- άνοιξαν το πρώτο Studio Pilates στη Νέα Υόρκη. Η μέθοδος του κατέκτησε αμέσως γνωστούς χορευτές και χορογράφους, όπως η Martha Graham και ο Georges Balanchine. Ο Pilates πέθανε το 1967 σε ηλικία 87 ετών, ενώ η μέθοδος του χρησιμοποιείται σήμερα από χορευτές, ηθοποιούς και αθλητές.